Le Destinée repère une signature énergétique éloignée, sans doute synonyme de vie. Le vaisseau sort de PRL et se retrouve au milieu d'une multitude de débris de vaisseaux. Scott, Greer...
L'équipage est surpris quand il reçoit un message de la navette avec, à son bord, toutes les personnes laissées il y a un an sur la planète Eden. Ne sachant pas s'il s'agit bien d'eux...
En croyant tuer Ginn, Simeon tue également Amanda. Pour se sauver, il force Volker à composer une adresse et s'enfuit sur une planète par la Porte des étoiles. Immédiatement, une équipe...
Rush et Young partent explorer un vaisseau abandonné, repéré par les radars du Destinée. À bord, ils découvrent la salle de contrôle et des capsules d'aliens vides, quand soudain le vaisseau...
Le colonel Young, abattu par son divorce, fait chaque nuit le même rêve aboutissant toujours à la destruction totale du Destinée ! Ce n'est que lorsqu'il se reprend en mains que le vaisseau...
Au cours de l'exploration d'une planète, Scott se fait infecter par une créature mi-animale, mi-végétale. T.J. doit le soigner sur place pour ne pas qu'il contamine le reste de l'équipage...
Scott s'inquiète pour Chloe qui a un comportement de plus en plus étrange. En lisant son journal intime, il découvre qu'elle écrit en Ancien !
Les radars détectent un objet non identifié vers lequel fonce le Destinée. À son approche, l'équipage découvre qu'il s'agit d'une réplique du Destinée. Une fois les deux vaisseaux accost...
Telford et les membres de l'Alliance luxienne sont faits prisonniers. Avec ces nouveaux passagers, le Destinée commence à manquer de vivres et il faut rapidement trouver une planète fertile...
Le colonel Young et les militaires sont pris en otage par les membres de l'Alliance luxienne qui souhaitent les débarquer, avec les civils, sur la prochaine planète viable.
L'Alliance luxienne a envahi le Destinée en passant par la Porte des étoiles, faisant des otages et des morts dans les deux camps. Seuls Chloe et Eli sont libres et cachés dans une partie...
Le docteur Rush a été capturé par l'Alliance luxienne, dirigée par Kiva, qui le force à coopérer pour obtenir les codes d'accès du Destinée, afin d'en prendre les commandes.
Le docteur Rush fait un rêve étrange au cours duquel il est une taupe qui divulgue des informations secrètes à l'Alliance luxienne et se retrouve dans la peau du colonel Telford.
Plusieurs membres de l'équipage sont victimes d'hallucinations très réalistes, liées à des personnes ou évènements très personnels : le lieutenant Scott voit son enfant, Chloe parle...
